James Heller pode metamorfosear e assumir a identidade de outras pessoas e memórias por consumi-los. Tomando a identidade das pessoas e metamorfose para eles tornou-se mais táctico. Devido às ações de Blackwatch na zona amarela, se o jogador assume o papel de um soldado, as pessoas vão reagir a ele de uma maneira que eles mostram que não quer nada com ele. Para se certificar de que os inimigos não sobrecarregar o jogador, Radical criou um sistema de esquiva e AI nova, mais realista. Heller será capaz de usar armas no jogo, como rasgar o canhão de um tanque fora e usá-lo contra os inimigos. Heller também pode deslocar-se sobre inimigos humanos inocentes, injetar o vírus em Blacklight-los e criar um "BioBomb" deles para explodir objetos, inimigos e tal. Heller também melhorou movimento, força, invulnerabilidade (auto-cura e resistência), e tem um senso de sonar. O sonar inclui uma capacidade de pulso novo, que destaca as principais características de um ambiente para torná-lo mais fácil para o jogador a encontrar alguém, em vez de olhar em uma grande multidão para uma pessoa com um ícone acima de sua cabeça. Radical, declarou que os poderes será mais significativa, aparecendo como mutações e atualizações que permitem que os jogadores decidirem como querem jogar como Heller. ^[ 6 ]

Para dar aos jogadores mais poder no jogo, os desenvolvedores têm adicionado gavinhas. Gavinhas brotam braço de Heller e pode ser usado para uma variedade de finalidades. Os jogadores podem usar tentáculos para esmagar objetos em outros objetos, como um carro em um tanque, utilizando o ataque do 'buraco negro'. Os jogadores serão capazes de desmembrar os inimigos, uma força que vai se tornar mais úteis como o jogo progride. Existem muitas outras maneiras de matar os inimigos, que vão desde atirar um carro contra um grupo de soldados Blackwatch, cortando a cabeça de um mutante, ou usando poderes. Consumir não mudou desde que o original Prototype , com exceção de alguns inimigos, que são consumidos em cima agarrando-los (por exemplo, supersoldados Brawlers). Também foi anunciado que Heller já pode controlar um pacote de Brawlers (semelhante ao protótipo ' Hunters s) para atacar qualquer coisa que ele deseja (nota: esse poder é limitado a variante principal Brawler). Heller, não encontrará mais em 'Eventos' todo NYZ, em vez de iniciar missões secundárias por invadir Blacknet. Hacking para Blacknet, sistema Blackwatch de que os detalhes de operações militares e as três áreas de NYZ, Heller escolhe a partir de uma pequena lista de missões em cada terminal. Blacknet permitirá Heller para encontrar as operações que ele pode romper ou assumir o controle de para seus próprios fins e encontrar pessoas importantes que lhe permitirá aprender mais sobre o que ele se tornou por causa do vírus Blacklight. Ele também irá ajudá-lo a descobrir mais sobre Alex Mercer e que suas conexões são as mortes de sua família. As missões que são selecionáveis ​​pode ser sidequests ou extensões par

O personagem principal de Prototype 2 é James Heller, um homem que culpa as mortes de sua família em Alex Mercer. Depois de sobreviver a uma missão suicida e ser transformado pelo vírus lançado por Alex Mercer, Heller está olhando para matar Mercer, que atua como antagonista principal do jogo. Motivos da Mercer são claras, mas ao contrário do primeiro jogo que ele não está empenhada em impedir que o vírus, mas parece estar se espalhando isso.

Após os acontecimentos do primeiro jogo, Manhattan recuperado a partir do foco inicial e todos pensavam que o "Virus Mercer" foi erradicada. 14 meses após o Prototype , Manhattan foi colocado em quarentena novamente, devido a um surto de segundo, um muito pior do que o primeiro, e bloqueadas a partir dos outros bairros da cidade de Nova York , que foi renomeada Nova York Zero (NYZ). Os bairros de Nova Iorque foram divididos em três zonas, a zona vermelha, Amarelo e Verde. Cada região representa como afetada Nova York é pelo vírus Blacklight. A maioria dos bairros de Nova Iorque Zero ter sido infectado. A zona vermelha é Manhattan, casa de Alex Mercer, em que o vírus Blacklight cresce sem impedimentos. A zona amarela é uma área de triagem cheia de favelas e os pobres, é muito lotado e, enquanto o vírus cresce lá, é no mínimo e Blackwatch está usando a zona amarela como uma placa de Petri. A Zona Verde é não-infectado cidade de Nova York, exceto que há uma presença Blackwatch pesado. James Heller terá missões em cada zona e dificuldade de cada missão dependerá da zona em que ela ocorre dentro Blackwatch é creditado como ocupando e controlando NYZ, mas disse que estão a saber que Nova York na verdade pertence a Alex Mercer, embora o último é visto apenas raramente.^[ 10 ]

Blackwatch é a organização que é responsável para a criação do vírus e são responsáveis ​​pela erradicação de Nova Iorque. Principal adversário Heller em Blackwatch é Rooks coronel. Rooks é mais humano do que outros membros Blackwatch devido à sua família, embora seu compromisso com o conceito de família é a sua interpretação da missão da Blackwatch. Ao ouvir os acontecimentos negativos em missões de Blackwatch, Rooks tem um pavio curto, mas pode ser feliz se Blackwatch missões são bem-sucedido. Acompanhando Rooks é o Dr. Koening, o virologista principal no GenTek. Koening supervisiona todas as operações GenTek principal. ^[ 11 ]

2 anos após os acontecimentos do jogo original, sargento James Heller, depois de retornar de turnê no Iraque , descobre que sua mulher e filha para ser declarada morta, causando-lhe para se juntar à militar na luta pela NYZ contra o Vírus da Mercer. Heller é informado sobre os surtos anteriores em Idaho nos anos 60 e em NYZ nos eventos do primeiro jogo.

Prosseguindo Mercer de vingança, Heller está infectado pela Mercer com uma cepa que imbui-lo com super-poderes semelhantes. Após desmaiar, Heller acorda em um laboratório zona amarela, onde GenTek cientista Dr. Koenig e Rooks soldado Blackwatch Col. estão experimentando sobre ele. Heller escapa a base GenTek, quando Mercer confronta e afirma GenTek e Blackwatch são responsáveis ​​pela recriação e cultivando o vírus da Mercer, tornando-os responsáveis ​​pela segunda infecção e as mortes da família Heller. Revelando que pretende derrubar GenTek e Blackwatch, Mercer oferece uma trégua para Heller,. Heller, sem saber das intenções da Mercer, vai para o seu paroquiano local, o padre Guerra, para aconselhamento e ajuda^{[ 13 ] [ 14 ] [ 15 ]}

Usando informações fornecidas pela Guerra, Heller hacks em Terminais Blacknet para saber mais sobre e sabotar uma série de suas operações. Aos poucos, consumindo o seu caminho através Blackwatch, Heller finalmente encontra e ataca Koening, apenas para encontrar o médico tem poderes sobre-humanos similares aos Heller, e é um dos vários "evoluiu" agentes plantados em GenTek e Blackwatch pela Mercer. Depois de derrotar e consumir o médico, Heller encontra Mercer pretende recrutá-lo na tentativa de controlar NYZ. Suas dúvidas crescente, Guerra, em seguida, mostra Heller uma fita de vídeo da Mercer liberando o vírus pela segunda vez na Penn Station , o mesmo lugar Mercer originalmente lançado e contraiu o vírus.

Enfurecido que Mercer mentiu para ele, Heller sai para a zona verde para perseguir e assassinar os cúmplices da Mercer, incluindo um agente Evolved em GenTek chamado Sabrina Galloway; em confronto com Galloway, no entanto, Heller relutantemente equipes se com ela quando ela revela que ela pode ajudá-lo derrubar Mercer. Com a ajuda de Galloway, Heller logo descobre que Mercer planeja infectar o mundo inteiro através de "Whitelight", uma vacina contaminada lançado pela GenTek que na verdade serve para acelerar a infecção e evolução em vez de preveni-la.

Frustrado com Heller sabotando seus planos, Mercer mata Padre Guerra, ao encontrar o cadáver, no entanto, um Heller luto usa telefone Guerra para chegar a Athena, entre em contato Guerra, que é revelada a ser Dana Mercer. Dana explica que a filha de Heller, Maya, ainda está vivo, o que levou Heller a cabeça para a zona vermelha para derrubar Mercer e para salvar Maya. Depois de impedir segunda tentativa Blackwatch de nível ilha de Manhattan , o coronel Rooks ajuda Heller falar com sua filha, apenas para Galloway a traí-lo e tirar a Maya Mercer. Ao confrontar Mercer, Alex revela que pretende resolver conflitos internacionais e os problemas do mundo, infectando toda a raça humana, efetivamente criando um superorganismo com Maya no centro.Depois Mercer absorve Galloway e vários evoluiu, ele ataca Heller, apenas para o último a sair vitorioso.

Tomando papel Mercer como chefe infectado, Heller apaga os infectados em NYZ junto com a maioria do vírus Blacklight,. Seguida, usando memórias absorvidos da Mercer, localiza Heller e libera Maya e Dana de um cofre A história então termina com os três, com vista para Nova York antes de as perguntas Dana que fazer a seguir. ^[